在大运动时期，军队不少将领受到冲击，李赤然是其中一位，被扣上“三反分子”的帽子，长达9年。1982年，当他接到军委离休通知，正式退下来，安享晚年。

李赤然是陕北红军出身，新中国成立后，调任防空部队负责军事教育工作，培养防空系统人才。1955年，防空部队改编为防空军，与陆海空、公安军并列为五大军种。这样的军队建制，是效仿苏联军队的建制。

不过，空军与防空军在工作中有许多交集，使得在指挥上出现不必要的矛盾。1957年，两大军种合并为新空军。

1960年，李赤然调任空2军政委，1962年，原本调任沈阳空军政委，结果被聂凤智等要到南京空军担任政委。因余立金一直挂职南空政委，他这个政委只能先干副职，结果3年后。余立金当了空军政委，南空政委也没有让他替补上。

此后的他，一直担任南空副政委。

大运动时，受到冲击三个鱼，要他承认是三反分子，被拒绝。

1969年12月，他被免去了职务，吴法宪派人找他谈话，准备树立他为李玉和式的人物，准备对他委以重任，如果不愿回空军，可以到大军区任职。

由于李赤然病情复发，他对此事感到蹊跷，一边要免他的职务，一边要封他的官，无非就是拉拢自己，被他断然拒绝，提出回老家瓦窑堡。

1970年，他被安排到西安居住，陕西省革委会主任李瑞山对他的到来便是欢迎，给他准备了房子。在南京工作8年的他，有些舍不得离开。

既然接到通知要回去，也只好收拾行李前往。因为扣着帽子，给他的待遇很低，只有维持的生活费，没有其他补助，内心唯一的要求能过上平静生活。

对于他的情况，还是有些特殊，虽然被免职，待遇差一些，可省里给他所在地装电话，还提供一辆小汽车出行。那时候，生活上显得有些紧张，还需要靠别人接济才行。那段时间，很多人对他进行帮助，让人深感难忘。

1978年，南京空军对他的问题进行平反，1967年被诬陷搞“盐城未遂兵变”等莫须有罪名，得到平反，恢复名誉。

1982年，已经休养13年的他接到空军要他离休的命令。此后，兰州空军干休所也通知他，让他搬进去住。上级按照大军区副职待遇，原打算给他270平方米的房子，只给180名方米，10年后又给他曾经70平方米，与规定的还差20平方。

不仅居住面积不够，所住的环境也不是很理想，因他所在的楼紧邻马路，窗户隔音效果差，噪音污染让人头疼，而且小区经常有外来人，垃圾不能及时清理，气味难闻。

这些客观存在情况，也只能先这样。离休后的他对自己还是有一定要求的，被聘请为省老年书法协会名誉会长，还担任20多家政府部门或者群众团体的顾问，晚年的生活充实而不亦乐乎。